中期已成为北方蒙古部落南侵甘肃镇的主要路径之一。

成化十年，巡抚宁夏都御史徐廷章、镇守都督范瑾奏修河东边墙，形成了自黄沙嘴至花马池长达三百八十七里的长城。这道长城为抵御河套地区的蒙古部落南侵起到了重要作用，陕西三边暂时未有蒙古部落大举入侵。

直至弘治十四年，河套地区的蒙古部落由花马池拆墙南侵，抢掠固原、安会等处。河东边墙的毁坏，致使防御河套地区蒙古部落的屏障失守，陕西三边边患告急。

杨一清上任后，立即建议重修河东边墙。但因修边而造成军民困敝，人怨四起，并没有取得很好的修缮效果。第二年，杨一清称疾解官，花马池边墙重修一事也暂时告停。之后，河套地区的蒙古部落仍继续由花马池一带拆墙而入，侵扰固原等地。

至嘉靖元年，北方蒙古部落又毁坏圆山儿墩、石井儿墩等处边墙，侵扰范围南至泾州。此一时期，蒙古部落入河套境的路径基本是由花马池向南侵入，侵扰范围主要是宁夏、固原等地。

嘉靖七年后，贺兰山成为蒙古部落入境的新路径。当年正月十五日，蒙古部落从宁夏镇北关踏冰过黄河，沿贺兰山南行。

此时，位于贺兰山以南的甘肃镇成为危险区，镇守总兵官杭雄等在甘肃镇东部沿边的镇羌堡预备防守。但因杭雄轻敌，蒙古部落大掠庄浪、宁夏。

对此，总制三边尚书王琼称“套虏踏冰过河，由宁夏境贺兰山内入庄、凉始于此”。但其实早在八月，驻扎在偏头关外的蒙古部落，就已从贺兰山后踏冰过河，驻庄浪进行抢掠。

此后，甘肃镇一带多次遭遇蒙古部落入侵。嘉靖八年八月，蒙古部落的阿尔秃厮由宁夏贺兰山入庄浪境，住牧十月，并大肆侵扰红城子。嘉靖九年，为了应对蒙古部落对甘肃镇的侵扰，时任总制陕西三边尚书王琼奏议在贺兰山修筑关墙，并在大沙沟等处增设城堡，派兵驻守。

其实，在贺兰山附近曾有一道边墙：自镇远关山嘴墩至横城，长达一百八十五里，建有三十六座墩台，但处于年久废弃的状态。王琼舍弃宁夏镇北端镇远关的修复，而选择在贺兰山南接黄河处挖建沟堑，使得贺兰山作为新的防御边界。

然而，贺兰山处的壕沟也未能抵御蒙古部落南下，后世边臣对王琼的做法也颇有微词：“宁夏与山后诸夷为邻，贺兰山其界也，自王琼弃镇远关创为新边，而贺兰山为虏所据，遂使延、宁二镇受患至今。”

此时，贺兰山已然成为要冲，河套地区的蒙古部落的侵犯路线即从贺兰山入境，朝山后的甘肃镇进攻，直达甘肃镇东北一带的庄、凉卫所。这即意味着甘肃镇与延绥、宁夏二镇均成为河套蒙古部落的重点侵略范围，甘肃镇的北部边患危机加剧。

在陕西三边四镇中，延绥、宁夏二镇为北部门户，而甘肃镇则是西部屏障，三者之间互成掎角之势，共同防守陕西镇腹地。

正德前，陕西三边主要的防御对象是北方蒙古部落，因而兵力主要集中延绥、宁夏二镇。然而随着墩台废弃，屯堡内徙，武备废弛，北方蒙古部落更易从宁夏、延绥二镇破边而入，进犯河西。

于是，当延、宁二镇遭遇北方蒙古部落大举入侵时，往往要调集甘肃兵马前来应援。自正德七年开始，甘肃镇西有亦卜剌扰乱熟番，北有小王子追逼渡河，蒙古部落两面相逼，边患孔棘。但此时的亦卜剌仍被视为“河西残寇”，边官对其持轻视态度。

河东常有警，甘肃镇官兵多屯留河东驻守，因而也造成甘肃镇兵少单弱的情况。

由此可知，这一时期地处北边，近逼河套地区的蒙古小王子部落是整个陕西三边四镇的重点防御对象，而占据西海的亦卜剌仍未被视作一方边患。因而以亦卜剌为防御对象的河西军伍数量明显少于以小王子部落为防